非接觸式超聲碎破儀與傳統的探頭超聲波破碎儀，探頭與樣品直接接觸，一次只能處理一個樣品，實驗周期長；對于多個樣品，需要重復使用同一探頭，容易造成樣品交叉污染。由于每次探頭插入樣品的深度不用，每次超聲的能量分布也不盡相同，影響實驗結果的重復性和準確性。此外，由于不能采用封閉系統，在超聲過程中產生的氣霧或者泡沫會擴散到環境中，造成潛在的生物危險。